انتشار عالي لسلالة فايروس كورونا متغيرة ألفا مع كودون توقف سابق لأوانه في ORF7a في العراق ، شتاء 2020-2021
منذ أول حالة تم الإبلاغ عنها لمرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19) في الصين ، انتشر SARS-CoV-2 في جميع أنحاء العالم. كان للمراقبة الجينومية لـ SARS-CoV-2 دور حاسم في تتبع ظهور المتغيرات الجديدة وإدخالها وانتشارها ، والتي قد تؤثر على قابلية الانتقال والإمراضية والهروب من العدوى أو المناعة التي يسببها اللقاح. كما كان متوقعًا ، فإن الزيادة السريعة في إصابات COVID-19 في العراق في فبراير 2021 ترجع إلى إدخال متغيرات مثيرة للقلق خلال الموجة الثانية من جائحة COVID-19. لفهم الوبائيات الجزيئية لـ SARS-CoV-2 خلال الموجة الثانية في العراق (2021) ، قمنا بتسلسل 76 جينومًا كاملًا لـ SARS-CoV-2 باستخدام تقنية NGS وحددنا الطفرات الجينية ونسب المتغيرات المتداولة فيما بينها. أيضًا ، أجرينا دراسة في السيليكو للتنبؤ بتأثير اقتطاع بروتين NS7a (ORF7a) على وظيفته. اكتشفنا تسعة سلالات مختلفة من SARS-CoV-2. سادت سلالة B.1.1.7 (80.20?) من فبراير إلى مايو 2021 ، بينما تم الكشف عن سلالة واحدة فقط B.1.351. ومن المثير للاهتمام أن التحليل الوراثي أظهر أن سلالات متعددة من النسب B.1.1.7 متجمعة بشكل وثيق مع سلالات من الدول الأوروبية. تم اكتشاف تردد ملحوظ (43.33?) لطفرة إيقاف كودون (NS7a Q62stop) بين متواليات النسب B.1.1.7. في تحليل silico لـ NS7a مع Q62stop وجد أن كود الإيقاف هذا لم يكن له تأثير كبير على وظيفة NS7a. يقدم هذا العمل رؤى وبائية جزيئية حول المتغيرات المنتشرة لفيروس SARS-CoV-2 في العراق ، والتي يُرجح أنها مستوردة من أوروبا.